Í Garðaskóla er lögð mikil áhersla á að gera nemendum kleift að stunda nám á framhaldsskólastigi og flýta þar með för nemenda sem það kjósa í gegnum skólakerfið. Framhaldsskólaáfangar hafa um árabil verið skipulagðir í samstarfi við Fjölbrautaskólann í Garðabæ. Nú eru kenndir áfangarnir ÍSL 103, STÆ 103, ENS 103, BÓK 103, SPÆ 103 og NÁT 103. Vorið 2008 verður í fyrsta sinn boðið upp á framhaldsáfanga í nokkrum greinum, þ.e. ÍSL 203, STÆ 203, ENS 203.